代办日本留学签证的费用因代办机构和服务内容不同而有所不同。
首先，需要注意的是日本留学签证的费用包括两部分，一部分是申请签证的申请费，另一部分是通过代办机构提供的服务费用。
申请费用
日本留学签证的申请费用与签证类型有关。根据日本驻华大使馆官网的显示，以下是日本留学签证的申请费用（以人民币计价）：
- 留学生签证（大专以上学历）：650元
- 留学预备生证明：100元
- 留学生家属签证：650元
- 专业人员临时出国签证：650元
- 留学生实习签证：650元
服务费用
针对申请人需要通过代办机构办理日本留学签证的情况，代办机构将会收取一定的服务费用。服务费用因机构不同而异，一般包括以下几个方面：
1. 签证申请咨询费：代办机构为申请人提供签证申请的咨询，包括条件、材料准备、碰到的困难等，费用根据咨询时长计算。
2. 材料审核、修改和翻译费：代办机构会审核申请人提交的签证材料，有需要的话会修改和翻译材料，费用根据材料修改和翻译复杂程度计算。
3. 申请预约和入网费：代办机构在日本驻华使领馆网站上代为预约签证面试，同时代办机构需要在该网站上建立申请人的申请档案，费用根据预约成功率、面试档案复杂程度计算。
4. 交涉和挂号费：代办机构将会代为向日本驻华使领馆提交签证申请，提供接收签证的邮寄通知、挂号和交涉，费用根据邮寄通知和挂号费率计算。
5. 其他服务费用：代办机构在申请过程中提供的其他服务费用，例如协助购买机票、住宿、日本文化推介等，与代办机构提供的服务内容有关。
需要注意的是，每个代办机构的服务费用各有不同，一般需要根据具体情况咨询后方可知道。同时，服务费用也会因服务细节和工作量的不同而有很大的差别，所以上述内容仅供参考。
总的来说，代办日本留学签证的费用除了申请费外还包括代办机构提供的细致服务的费用，两者的合计数额取决于申请人的需求和代办机构的要求。
