在确定日本留学签证开始计算的日期时需要考虑几个因素。
首先，需要了解的是日本留学签证的发放机构和流程。日本留学签证的发放机构是日本驻中国使馆和领事馆，申请人需在相应机构递交签证材料并进行面试。如果一切顺利，签证将在10个工作日内发放。因此，签证的开始计算日期应该从签证发放之日开始。
其次，对于留学签证的有效期限制也需了解。一般来说，日本留学签证的有效期限制是在签证发放日期后的90天内入境日本，并在签证届满前离开日本。因此，在进行申请签证计算时，也需要考虑签证申请人计划的入境时间和签证的有效期。
最后，需要注意的是，签证的开始日期并不一定与飞行时间或出发日期相同。这是因为在办理签证的过程中，需要考虑到一些时间因素，如签证申请和审核的时间、快递送达的时间等。因此，在确定留学签证的开始日期时，需要考虑这些因素的影响。
总的来说，日本留学签证的开始日期应该从签证发放之日开始，但也需要考虑签证的有效期限制和申请人计划的出行时间。若有任何疑问，可以咨询日本驻中国使馆和领事馆的相关人员或通过官方网站获取所有必要的信息。
