留学生在日本签证费用根据不同的签证类型而有所不同。具体来说，留学生需要申请“留学预备签证”作为前往日本的第一步。这种类型的签证主要用于在正式入学前开展语言学习、递交入学申请等准备工作，有效期一般为3-6个月。申请留学预备签证时需要缴纳3000日元的费用，接下来是申请正式的留学生签证，费用为4000日元。
当留学生决定正式入读日本的学校或大学后，就需要申请“学生签证”了。这种类型的签证有效期为一年，每年需要续签。学生签证的签证费用为4000日元，但是如果留学生希望在签证有效期内出入境，需要额外支付5000日元的“多次往来许可费用”。
与其他国家一样，申请日本签证还需要支付一定的服务费、递送费等等。例如，大部分国家都需要进行指纹采集，所以还需要支付指纹采集费。此外，如果留学生需要通过邮递申请各类文件，还需要支付分别为500日元和800日元的递送费和保险费。
总的来说，留学生在日本签证的费用相对其他国家而言较为便宜。而且在申请签证过程中，留学生还可以获得一些优惠政策，例如从免签转为签证、签证延期等。不过，需要注意的是，任何变更留学身份的操作都需要缴纳申请费用。
需要强调的一点是，在日本，所有申请签证和居留许可的费用都趋向于稳定。因此，如果留学生在整个学习周期内不需要变更签证类型或针对某个性质进行特殊申请，那么留学生就可以将签证和居留许可的申请费用视为一次性缴费。一旦缴纳，留学生就可以随时申请出入境。
