日本留学签证申请需要准备以下的手续：
1. 准备申请材料：
- 护照原件和复印件；
- 确认录取通知书原件和复印件；
- 学校入学手续费收据；
- 日本学校的入学确认书；
- 托福/雅思/日本语能力考试成绩原件和复印件；
- 投保旅行保险单；
- 在日本担保人的邀请信和邀请方的身份证件复印件；
- 在华居住证明原件和复印件；
- 个人照片两张。
2. 护照：
申请者必须有有效的护照，而且要符合入境日本的要求。通常入境日本的护照有效期半年及以上。
3. 录取通知书：
申请人须携带日本学校发的录取通知书（或入学确认书）原件和复印件以及学校以及入学手续费的收据。
4. 日本语言能力证明：
申请人需要有日本语言基础，多数留学生需要到日本就读日本语学校或进修专业学校，所以申请人需要通过日本语能力考试（JLPT）或者其他权威语言能力证书如英语（TOEFL、IELTS），中文（HSK）等。
5. 投保旅行保险：
申请人在入境日本前必须办理旅行保险。申请人应该在旅行保险中确保医疗费、意外保险、丢失物品和延期旅程等保险范围。
6. 担保人的邀请信和身份证件：
在日本有亲戚或朋友可以为申请人担保中，需要担保人发邀请信并提供身份证件复印件。
7. 在华居住证明：
申请人需要提供在华居住证明，这是留学签证必须要提供的资料。
总的来说，申请日本留学签证需要的手续较为复杂，且需要比较长时间的准备，申请人需要提前规划好时间，并充分了解需要准备的文件和材料。同时，申请人要保证所有的材料都是准确无误的，避免出现信息不符或丢失材料等问题给签证申请造成不必要的麻烦。
