留学签证在日本的有效期可以分为两个部分：一是签证发放的有效期，二是在国内停留的有效期。
首先，签证发放的有效期通常是三个月到六个月不等。这个时间段内，留学生需要在日本领事馆或大使馆提交签证申请并进行面试，通过面试后才能得到签证。因此，建议申请人在有效期内尽快提交申请，以确保签证能够在计划出国前领取到。
其次，在国内停留的有效期取决于签证类型和申请人的情况。一般来说，留学生签证的停留时间是90天到2年不等，这取决于申请人提交的留学计划和文化交流项目。此外，留学生持有签证入境后，需要及时在日本政府指定的机构进行签证居留手续。
一旦签证有效期过期，留学生的身份将成为非法滞留，可能导致其不能通过边境检查站，影响其今后在日本的留学或移民申请。因此，留学生应当根据自己实际情况，及时更新和办理签证手续。
需要注意的是，由于新冠病毒疫情的影响，留学签证在日本的有效期可能会收到一定程度的影响，申请人需要留意领事馆或大使馆的公告。此外，还应当妥善保管好自己的护照和日本居留卡，不要让其过期或遗失。
总之，留学签证在日本的有效期是由签证发放的有效期和在国内停留的有效期两部分组成。申请人需要了解自己的签证类型和情况，及时更新和续签签证手续，以确保自己的留学计划进展顺利。
