在撰写日本留学签证协议时，需要考虑以下几点：
1. 合法性和明确性。协议需要在法律框架内起草，同时语言需要明确、简练、易懂。协议中所包含的条款也需要完整、准确，并且不要出现模糊、含糊或可被解释多种意思的用语。
2. 权利义务。协议中需要明确签署双方的权利和义务，尤其是一些重要的事项，如申请日本留学所需的文件、签证类型、费用、假期等等，都需要在协议中详细说明。
3. 情况变更。在协议中需要列出可能的情况变更，比如申请签证时可能出现突发情况、签证类型变化、留学期间需要延长、意外发生等等，需要在协议中说明各自的应对措施。
4. 违约责任。在协议中还需要明确双方违约的责任问题，比如签署后取消留学计划的后果、未如约支付费用的责任等等，以防止出现纠纷。
基于以上几点，一个有效的日本留学签证协议应该包含以下内容：
1. 协议标题。简要描述协议内容和签订双方。
2. 协议目的。说明签署协议的目的，比如申请日本留学签证、完成留学手续等。
3. 协议条款。列明申请日本留学签证所需的文件、签证类型、费用、假期等等。
4. 协议变更。详述可能出现的情况变更及双方应对措施。
5. 违约责任。阐述双方违约时的责任及后果。
6. 协议生效和终止。说明协议的生效时间和结束时间，以及协议结束时的程序。
7. 协议附件。附加相关法律文件、申请表等等。
8. 签署。列出签署人的姓名、签字、日期等信息。
需要注意的是，在撰写日本留学签证协议时，双方应该先在协议条款上达成共识，并在签署前仔细阅读、理解并对所有条款表示认可，以避免后来出现意见分歧。
