关于日本留学签证的退税问题，需要分别考虑两种情况。首先，需要注意的是日本境内购物的消费税税率为10%，包括食品、日用品、服装、电子产品、化妆品等各类商品。如果留学生在日本境内购买了商品并满足一定条件，有可能可以申请退回一部分消费税。
第一种情况是留学生在离开日本时将购买的商品带离日本，可以选择申请免税购物。出境时在机场免税店购买商品，可以免除消费税、进口税、关税和特别消费税等税款，但需要将商品作为个人行李带离日本，不能使用或转售。对于部分商品还需缴纳出关后的进口税。如果在机场外购买了商品，可以携带购物小票和护照去机场的退税柜台办理退税手续，一般需要满足以下条件：
1. 购买商品的时候本人持有有效签证，且在购买日起至少三个月内离境；
2. 单笔购物额度超过5，000日元(约合人民币300元)；
3. 累计购物额度超过5，000日元，且在同一商店集中购物。
退税申请时需要出示购物小票、护照及外国人登记卡，并填写相关申请表格。退税款可以选择现金或信用卡退回，但需缴纳一定的手续费。
第二种情况是留学生在日本境内租房、购买食品、衣物等生活必需品，并缴纳了消费税。这部分消费税无法通过退税的方式返还给留学生，但可以在年末申请所得税和住民税的免税制度。具体来说，如果留学生在日本境内工作并有工资收入，可以申请将收入的所得税和住民税免除一部分或全部；如果只是进行学习和研究活动，没有工资收入但每月租房、购买食品等消费超过15万日元(约合人民币9，000元)，也可以在年末申请免税。需要注意的是，免税制度的申请条件和规定较为复杂，具体可以参考日本政府相关网站的介绍或在税务局咨询。
