日本的留学签证需要支付的费用包括以下几个方面：
1. 申请费：根据不同类型的签证，申请费也有所不同。例如，留学生签证（D-2）的申请费为4，000日元（约合28美元），而技术外国人签证（特定技能1号）的申请费为33，000日元（约合290美元）。
2. 材料认证费：在申请签证时，需要提交一些证明文件，例如学历证书、成绩单等。如果这些文件是中文的，需要在日本领事馆或大使馆办理公证。公证费用每份约为100-150元人民币不等，具体费用因城市和公证所需时间而异。
3. 审核费：日本签证申请需向日本政府支付审核费用，包括外交部征收费（每人2，000日元）和入国管理费（每人1，000日元）。
4. 医疗保险费：在申请日本签证时，需要购买日本国内的医疗保险，以保障留学生在日本发生医疗费用时的支付问题。医疗保险费用根据保险公司和年龄而有所不同。例如，全日空日本医疗保险的费用为大约6，000日元/年（约合53美元/年）。
总体来说，从申请日本留学签证开始到最终签证发放，留学签证所需费用在600-1000美元左右，具体费用因申请方式、加急情况等因素而有所不同。留学生在申请留学签证时，应提前准备申请所需材料和费用，并仔细阅读日本签证申请指南，确保申请流程顺利。
