日本更新留学签证需要准备的材料主要包括以下几点：
1. 有效护照和签证原件：需要提供有效护照和签证原件，包括所有签证、注销记录以及已过期的签证，确保在签证过期之前提前准备好材料。
2. 在校证明：需要提供在读院校的在校证明，该证明应包括学习计划、课程证明信、成绩单等，证明留学生在校学习情况良好。
3. 经济资金证明：需要提供在日本的财产证明和流动资金证明，如银行存款证明或股票证明等，以证明留日期间有足够的经济能力维持自己的生活。
4. 居住证明：需要提供在日本的居住证明，如租住合同、房产证等，以证明留学生在日本有合法住所。
5. 学校出具的更新申请信：需要向在读院校申请更新申请信，并提供在校期间的学术表现和个人行为表现的证明，在申请更新留学签证时提交。
6. 健康证明：需要提供健康证明，包括体检证明和医生开具的疾病诊断证明等，以证明留学生身体状况符合日本的入境条件。
需要注意的是，具体的材料准备情况可能会根据个人情况和申请的留学签证类型有所不同，因此在准备材料时应对照官方要求进行准备。并且，提交申请材料时应该尽量完整、准确地填写，这将有助于加快签证申请进程并获得审批。
